美军自持武器先进和雄厚的经济实力，以马尼拉为起点逐步扩大根据地，驻菲律宾美军总指挥尤厄尔·奥提斯下令美军暴力镇压菲律宾革命事业，菲律宾革命军虽然勇猛但也架不住飞机大炮不断的轰炸，经过一年的战斗菲律宾革命军节节败退。
最后菲律宾第一任总统阿奎纳多下令部队转入农村开展游击战，正规军转型为游击队、正规战转变为游击战，美军先进的武器一时失去了优势。
菲律宾革命军共歼灭美军近万人，越镇压越反抗，美国第一次尝试到殖民统治背后的血腥。
同年2月美驻菲律宾总指挥尤厄尔·奥提斯因迟迟不能稳定菲律宾局势被调回国内，接任者正是大名鼎鼎的阿瑟·麦克阿瑟，他的儿子在就是将来闻名亚洲的道格拉斯·麦克阿瑟。
老麦克阿瑟上台后立刻终止奥提斯的血腥镇压，他认为菲律宾渴望自由，只有让菲律宾获得主权才能缓和两国的对立关系，他将这一消息通过各种渠道向菲律宾民间传播。
不久美军得到一条重要情报，菲律宾革命领袖阿奎纳多藏身于帕拉南，老麦克阿瑟立刻派遣一支小队前去抓捕。
整个抓捕过程非常顺利，当阿奎纳多被带入美国军营时受到了老麦克阿瑟的热烈欢迎，美军将老麦克阿瑟与阿奎纳多热情会谈的消息传遍菲律宾，不久各地革命军开始放下武器，老麦克阿瑟趁机又宣布大赦令，只要革命军放下武器不仅没有罪相反还会得到一定补偿，这下全国的反抗激情逐渐平息。
多年以后当被问起美军占领菲律宾的意图时，老麦克阿瑟这样回答：“……向菲律宾人民推行自由理念，这个自由理念已经在美国得到了长足的发展。”
其实所谓的“自由”只不过粉饰帝国主义殖民统治，老麦克阿瑟主张很像当时美国政客所说的“绥靖”，当革命放下武器时，等待他们的只有帝国主义随意的蹂躏，1902年老麦克阿瑟高兴地向华盛顿和世界宣布，美菲战争结束，这场已经持续好6年的独立战争就这么被老麦克阿瑟轻松瓦解了。
二战开始后，日本于1941年12月入侵菲律宾。
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