朱一贵和原杜君英派遣到朱一贵处的杨来、颜子京为周应龙所败。朱一贵退入山中，藏躲於袁交友庄。杨来、颜子京败後则返归杜君英处。
周应龙败朱一贵後，闻杜君英攻下淡水汛，遂带兵南下驰援。4月27日，杜君英渡过下淡水溪，会合原先退入山中的朱一贵部後，大败周应龙於赤山今高雄市鸟松区，周逃归府治。
赤山之战後，朱一贵部北上转攻台南，杜君英部则连夜再陷凤山县县城今高雄市左营区，随後亦北上台南。
4月30日，杜君英部的林曹已先至台南，在和清军交战後，败退竿津林。
朱一贵当日则未和清军交战，而是等待杜君英的主力部队到达。
5月1日，杜君英与朱一贵会拢後，合流进攻台湾府城今台南市中西区。杜君英率部率先攻入府城，朱一贵随後继入。
清朝官员包括知府王珍纷纷坐船逃往澎湖。攻下台湾府城後，众将拥立朱一贵为「中兴王」，於今台南大天后g0ng登基。朱一贵尊明为正朔，承袭明朝的制度，国号大明，年号永和，废薙发令，封诸将为官，布告天下。
朱、杜攻入府城後，台湾中部亦有诸罗县人赖池等人於5月1日举事响应，并於5月4日攻破诸罗县县治今嘉义市。举事响应者有许多是明郑时期将校武官。至此，北至诸罗、南至下淡水溪今高屏溪均已为朱、杜集团所控制。
内部分裂
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