而本来驾驶员中表现最好的，同步率最高的碇真嗣，现在也出现了问题。简单的说就是他尥蹶子不想干了。
这方面倒是和原著的情况差不多，被傀儡系统控制的初号机也是发了疯一般的攻击三号机，不过区别就是三号机这边因为被崩玉影响出现了变异的关系，导致实力要比原著中强得多，所以初号机并没有直接将它撕了，但是这种违背碇真嗣的意志强行出手，甚至过程中碇真嗣一直都在恳求父亲停手，碇源堂也没任何回应的行为还是彻底的惹怒了碇真嗣。
从林顿的角度当然也是很能理解碇真嗣这边的反应，就是你写信说有事拜托我让我来的第三新东京市，过来就突然让我开eva。勉强接受了这样的设定，结果突然你又说开发了一个傀儡系统来代替我，合着卸磨杀驴过河拆桥呢？就自己只是个智能驾驶之前的工具测试员呗，现在傀儡系统出来自己是不是也已经不重要了？
所谓期望有多大，失望就有多大。碇真嗣之前对自己的父亲抱有期望，还想要做些事情得到父亲的认可，但是傀儡系统就是对他所有努力的完全否定，可以说是碇源堂捏着他的脸在告诉他我更加信任机器操作，而不是你。
在这样的打击下，碇真嗣直接都自闭了。从初号机上下来之后的第一句话就是，“我再也不要驾驶这样的东西了”。很明显对于这样的情况，碇真嗣的选择就是逃避，而不是去证明什么我比智能系统有用之类的，这当然也是他的性格使然，遇到痛苦的时候，反正先闪开再说。
当然碇源堂这边肯定也不惯着他啊，不开你还留在nerv干嘛，直接给我滚蛋。而这边的碇真嗣的回答大概也就是滚就滚的意思，根本没有丝毫的留念。此时这边的碇源堂大概也是对傀儡系统有些盲目的自信了，或者觉得自己并没有必要和碇真嗣妥协什么，不仅没有挽留的意思，甚至当场就下令注销碇真嗣的驾驶员资料。
和碇源堂谈完之后，碇真嗣算是彻底的失望了。他决定离开第三新东京市，至于什么使徒毁灭世界的事情，他不想管了，毁灭吧，赶紧地，累了。
此时唯一想要挽留碇真嗣的人大概就是葛城美里了，也是的她把目前碇真嗣的情况告诉给林顿的，本来的意思大概是想要让的林顿这边帮忙想想办法，但是林顿这边本来也就不想管这件事。
“这还真的是开家长会谈了吗？”林顿笑着说道，现在的情况，他和葛城美里就像是两个家长分别管着自己家的孩子，然后葛城美里家里出了点问题找他来商量下怎么办的感觉，“你那边就不能自己想想办法嘛，我这边可是也是忙的要死啊，我家两位一个会喷火，一个正在努力的喷激光……”
“所以都说了我根本不会喷激光！”旁边的明日香直接吼道。是的经过两天的检查，这边的明日香现在已经算是“出院”了，本来她就没啥事，这两天都在配合检查而已。之前说了nerv这边现在没办法闹翻，最后也只能放人，当然监视之类肯定是有的。
他们倒是也没和明日香明说以后不能驾驶eva之类的，只是简单的说要观察情况再说。但是明日香并不是白痴，目前的情况她大概还是能猜到一些的，但是出乎她自己的预计的是，明日香发现自己的失落情绪并不是那么大。
当然隐约她也猜到是因为什么了，看了看身边正在找她麻烦的林顿，这应该就是答案了。原本驾驶eva的她是为了找到一个栖身之所，而现在，自己算是找到了吗？说真的明日香自己也不能肯定，并没有经历过这样的事情，但是不得不说，现在的感觉居然还挺好的。
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